Wstęp
Wylądujesz w mocno zniszczonym Prezydium Cytadeli. Mako dachuje, co zmusi cię do opuszczenia pojazdu i kontynuowania pościgu za Sarenem na własnych nogach. Zlikwiduj kilka zombie, które cię zaatakują, i porozmawiaj z Aviną. WI poinformuje cię o sporych usterkach w systemach Cytadeli i dużych stratach w ludności cywilnej. Dowiesz się także, że Rada została ewakuowana na pokład okrętu Destiny Ascension, zaś poszukiwane przez ciebie były agent udał się do wieży. Skieruj się do windy, która ma zawieźć cię na spotkanie z turianinem.
Wieża Cytadeli
Niestety, nim dotrzesz na poziom wieży, Saren zablokuje windę, co zmusi cię do opuszczenia jej... w połowie drogi. Na szczęście nieopodal znajduje się szyb konserwacyjny, co jednak znacznie utrudni ci zadanie.
Droga do wieży prowadzi nie tylko przez szyb konserwacyjny, ale również przez systemy wentylacyjne i zewnętrzny system obronny. Lokacje te są okupowane przez zastępy gethów i kilku krogan, dlatego też spodziewaj się kilku ciężkich walk. Po drodze nie zabraknie też bardziej wyrafinowanych atrakcji, takich jak ostrzeliwanie desantowca gethów z działa czy przebijanie się przez pełne wrogów i chronione przez ciężkie armatki okopów.
Koniec końców, dotrzesz do wieży Cytadeli. Tam uzupełnij zapas medi-żeli, pokonaj ostatnich wrogów i zapisz grę. Przed tobą decydująca potyczka z Sarenem Arteriusem.
Finałowa bitwa
Kiedy spotkasz Sarena, ten wciąż będzie pracował nad oddaniem Cytadeli pod władanie Suwerena. Gdy turianin cię zobaczy, skieruje się w twoją stronę i zaserwuje ci granat powitalny. Po schowaniu się za zasłonę rozpocznie się rozmowa.
Saren stwierdzi, że od czasu ostatniego spotkania Suweren "ulepszył" go, czyniąc o wiele potężniejszym, dzięki czemu twój oponent wyzbył się wszelkich wątpliwości odnośnie słuszności swojej misji. Mimo wszystko możesz próbować przekonać turianina przy pomocy Perswazji/Zastraszania, że jest w błędzie. To, czy ci się to powiedzie, zależy w dużej mierze od tego, jak poprowadziłeś rozmowę z nim na Virmirze. Dialog może zakończyć się dwojako. Jeśli przekonasz Sarena, że się myli, ten przystawi pistolet do swojej głowy i popełni samobójstwo. W przeciwnym wypadku będziesz musiał walczyć, choć starcie z pojedynczym wrogiem, mimo że faktycznie potężniejszym niż ostatnio, nie powinno stanowić wielkiego wyzwania.
Bez względu na to, jak Saren zakończył życie, jego ciało spadnie przez szklane okno na poziom poniżej. Shepard podejdzie do terminala, by wgrać dysk otrzymany od Vigila i przejąć kontrolę nad systemami Cytadeli. W tym momencie otrzymasz sygnał ratunkowy pochodzący z Destiny Ascension, na którym, jak pamiętasz, przebywa Rada. Po chwili usłyszysz Jokera, który zapyta o dalsze rozkazy. Możesz kazać mu wraz z resztą floty osłaniać okręt Rady (i zyskać sporo punktów Idealisty) lub skupić się na zniszczenia Suwerena (co poskutuje dużą ilością punktów Renegata). Od twojej decyzji zależy to, czy Destiny Ascension wyjdzie z tej bitwy cało. Niedługo później flota pod dowództwem admirała Hacketta ruszy do ataku.
W międzyczasie twoi towarzysze sprawdzą, czy Saren na pewno nie żyje. Wbrew pozorom, jednak żyje, a to za sprawą cybernetycznych implantów, które przemienią zwłoki turianina w potężną maszyną do zabijania. Ta wersja Arteriusa posiada lepsze tarcze, solidną rakietnicę i porusza się z szybkością getha dywersanta. Krótko mówiąc: walka z nim nie będzie przysłowiową bułką z masłem.
Kiedy obniżysz pasek żywotności Sarena poniżej 60%, zobaczysz przerywnik ukazujący kolejny etap potyczki pomiędzy flotą Cytadeli a Suwerenem. Chwilę później akcja przeniesie się znów na pole bitwy - turianin w międzyczasie zdążył uzupełnić swoje tarcze i punkty życia. Kontynuuj walkę unikając jego zabójczego ostrzału i starając się go spowolnić lub unieruchomić (np. poprzez użycie Zastoju lub Podniesienia).
Gdy Saren zginie po raz drugi, bitwa w przestrzeni Cytadeli również dobiegnie końca. Ćelny strzał Jokera zakończy egzsytencję Suwerena, który rozpadnie się na części. Jeden z odłamków zniszczonego syntetyka uderzy w wieżę Cytadeli, przygniatając Sheparda oraz jego kompanów. Niedługo później na miejscu zjawią się kpt. Anderson oraz kilku jego ludzi. Z gruzów wyciągnięci zostaną towarzysze komandora, jednak nie on sam... W ostatniej chwili Shepard wygrzebie się spod rumowiska, czym mile zaskoczy wszystkich, którzy sądzili, że ludzkie Widmo może zginąć w starciu z pierwszym lepszym Żniwiarzem.
Sytuacja w Cytadeli zostanie opanowana, a ty spotkasz się w Prezydium z kpt. Andersonem i ambasadorem Udiną. W zależności od twojej decyzji, Rada przeżyła bitwę lub zginęła. Bez względu na to, wszystkie rasy będą pod wrażeniem twoich dokonań - do tego stopnia, że nie tylko zaproponują ludzkości miejsce w Radzie, ale także jej przywództwo. Udina zapyta, kogo widziałbyś w roli reprezentanta swojej rasy - jego czy kpt. Andersona? Wybór wydaje się być oczywisty, lecz jeśli chcesz, możesz "zostawić te sprawy politykom".
Gratulacje, ukończyłeś właśnie Mass Effect! Możesz teraz z satysfakcją oglądać napisy konczowe i... wyczekiwać powrotu Żniwiarzy. Chyba nie wątpisz, że ci potężni syntetycy nie powiedzieli jeszcze ostatniego słowa?