Piętnastoletnia Klara Frey jest w klubie Pandemonium świadkiem morderstwa popełnionego przez trzech nastolatków pokrytych tatuażami i walczących dziwną bronią. Klara czuje, że powinna zawiadomić policję, ale wie, że nikt jej nie uwierzy, gdyż ciało zamordowanego rozpłynęło się w powietrzu, a napastników nikt oprócz niej nie widzi. Są to Shadowhunters, tajemna kasta wojowników, których celem jest walka z demonami. W ciągu następnych 24 godzin znika matka Klary, a ona sama o mało nie ginie z ręki demona. Pojawia się pytanie, czemu demony interesują się zwykłą dziewczyną i jej matką? I skąd u Klary dar widzenia?… Tajemnice się mnożą a czas nieubłaganie ucieka…
Miasto Kości opowiada o przygodach piętnastoletniej dziewczyny, Klary Frey, która, poszukując swojej zaginionej matki, trafia do tajemnego świata, położonego głęboko pod ulicami Nowego Jorku, zwanego Podziemnym Światem, pełnego tajemniczych wróżek, wampirów, hybryd człowieka i wampira, i demonów. Klara jest rozdarta pomiędzy uczuciami, które żywi do dwóch chłopców – jej najlepszego przyjaciela, Simona, oraz do tajemniczego łowcy wampirów, Jace’a. Wkrótce sama staje się częścią ukrytego świata łowców demonów zwanych Nephilim i odkrywa straszną tajemnicę… Uratowanie matki może bowiem zagrozić istnieniu całego świata.